Spy Kyoushitsu 2nd Season atau dikenal Spy Classroom Season 2, menceritakan Empat anggota tim mata-mata Republik Din, Lamplight, memulai misi untuk menangkap mata-mata musuh. Meskipun mereka kesulitan untuk bekerja sama karena kepribadian mereka yang bertentangan, Thea, Monika, Erna, dan Annett berhasil mencapai tujuan mereka. Sambil menikmati istirahat sejenak, keempat gadis itu bertemu dengan seorang wanita bernama Matilda, yang mengaku sebagai ibu Annett. Saat mereka mengenal Matilda, tim tersebut terseret ke dalam konflik yang semakin meningkat yang menguji kerja tim dan kesetiaan mereka.
