Tomo-chan wa Onnanoko! atau dikenal Tomo-chan Is a Girl!, menceritakan Teman masa kecil Tomo Aizawa dan Junichirou "Jun" Kubota melakukan segalanya bersama, baik itu latihan atau sekadar menikmati hari yang menyenangkan. Siapa pun akan mengira keduanya adalah sahabat seumur hidup. Satu-satunya masalah adalah Tomo yang tomboy jatuh cinta pada Jun, tapi dia menganggapnya seperti saudara laki-laki. Di awal tahun pertama sekolah menengah mereka, Tomo mengungkapkan perasaannya kepada Jun. Namun, tingkah lakunya yang kasar dan tidak adanya keraguan untuk melontarkan pukulan tidak mempengaruhi hati Jun. Menyadari bahwa dia akan tetap acuh tak acuh terhadap kasih sayangnya kecuali dia melakukan sesuatu, Tomo harus menemukan cara untuk membuat Jun sadar dan membuka matanya terhadap apa yang ada di depannya.
