Serial Spy x Family, menceritakan Politisi yang korup, kaum nasionalis yang hiruk pikuk, dan kekuatan-kekuatan penghasut perang lainnya terus-menerus membahayakan lapisan tipis perdamaian antara negara-negara tetangga Ostania dan Westalis. Terlepas dari rencana mereka, mata-mata terkenal dan ahli penyamaran "Twilight" memenuhi misi berbahaya satu demi satu dengan harapan tidak ada anak yang harus mengalami kengerian perang. Di kota Berlint yang ramai di Ostania, Twilight memakai nama samaran "Loid Forger", seorang psikiater terkemuka. Namun, niat sebenarnya adalah untuk mengumpulkan informasi intelijen tentang politisi terkemuka Donovan Desmond, yang jarang muncul di depan umum di sekolah putranya: Akademi Eden yang bergengsi. Meminta bantuan pegawai balai kota yang belum menikah, Yor Briar, untuk bertindak sebagai istrinya dan mengadopsi Anya, anak yatim piatu berusia enam tahun yang penasaran, sebagai putrinya, Loid menjalankan rencana induknya. Dia akan mendaftarkan Anya di Akademi Eden, di mana Loid berharap dia akan berprestasi dan memberinya kesempatan untuk bertemu Donovan tanpa menimbulkan kecurigaan.
