Musaigen no Phantom World atau dikenal Myriad Colors Phantom World, menceritakan Phantom: entitas supernatural seperti hantu atau youkai yang hingga saat ini dianggap sebagai takhayul. Namun, ketika virus yang menginfeksi otak menyebar ke seluruh masyarakat, persepsi masyarakat terhadap dunia berubah seiring terungkapnya makhluk mitos yang hidup berdampingan dengan umat manusia sepanjang waktu. Virus ini juga telah mempengaruhi generasi berikutnya secara signifikan, memungkinkan mereka mengembangkan kemampuan khusus yang dapat mereka gunakan untuk melawan hantu berbahaya. Haruhiko Ichijou dan Mai Kawakami adalah dua orang yang diberikan kekuatan tersebut—Haruhiko memiliki kemampuan untuk memanggil dan menyegel hantu melalui gambar, sementara Mai memasukkan kekuatan elemen ke dalam seni bela diri. Bersama-sama, bersama dengan hantu ramah Ruru, mereka membentuk Tim E Akademi Hosea, yang didedikasikan untuk menangani makhluk-makhluk yang sering nakal ini. Di dunia di mana hal nyata dan nyata saling terkait, mereka menangani masalah sehari-hari yang disebabkan oleh hantu.
