Serial Megaton-kyuu Musashi, menceritakan Di kota biasa, ada orang-orang yang menjalani kehidupan yang damai dan memuaskan. Namun mereka tidak tahu bahwa itu adalah perdamaian palsu. Kebenaran yang tak terungkap... Bumi telah hancur... 99,9% umat manusia telah dimusnahkan oleh kekuatan alien misterius dari luar angkasa. Musuhnya bernama "Dracters." Akhirnya, sebuah lubang besar dibor di bumi dan diubah menjadi lingkungan yang cocok untuk tempat tinggal alien. Manusia tidak punya pilihan selain bersembunyi di tempat perlindungan untuk menghindari pandangan mereka. Menanti hari kebangkitan, yang mereka tidak tahu kapan akan datang... Para penghuni tempat penampungan Ixia telah menghapus ingatan mereka tentang hari kehancuran, dan menjalani kehidupan normal tanpa mengetahui apa pun tentangnya. Namun, beberapa dari mereka, "yang terpilih", telah menjadi pilot, mengendarai robot raksasa yang disebut "Rogue" dan berperang melawan alien. Hari ini, pilot baru lainnya dipilih...
