Megami-ryou no Ryoubo-kun atau dikenal Mother of the Goddess' Dormitory, menceritakan Kehidupan Koushi Nagumo yang berusia dua belas tahun tiba-tiba menjadi suram ketika ayahnya meninggalkannya setelah rumah mereka terbakar. Ditinggal mengurus dirinya sendiri, Koushi pingsan di jalan, tapi seorang wanita eksentrik bernama Mineru Wachi merasa kasihan padanya dan membawanya ke asrama wanita "Megami-ryou." Setelah mengetahui situasi Koushi, Mineru, yang kebetulan adalah manajer sementara, mengundangnya menjadi ibu asrama resmi Megami-ryou. Namun, yang menantinya adalah penghuni asrama—masing-masing dengan kelakuan anehnya masing-masing—seperti Atena Saotome yang androfobia namun lembut, Kiriya Senshou yang tomboi feminin, dan Mineru sendiri, yang kecerobohannya tidak mengenal batas dalam hal sains. Meskipun demikian, Koushi melakukan yang terbaik untuk memenuhi tugas kehidupan baru yang gila ini!
