Jibaku Shounen Hanako-kun atau dikenal Toilet-Bound Hanako-kun, menceritakan Tujuh Misteri terkenal yang tampaknya dimiliki setiap sekolah adalah legenda urban Jepang. Salah satu kisah yang paling terkenal adalah kisah Hanako-san: hantu seorang gadis muda yang menghantui kamar mandi sekolah. Akademi Kamome memiliki versi legenda Hanako-san sendiri. Rumor menyatakan bahwa jika seseorang berhasil memanggil Hanako-san, dia akan mengabulkan permintaan apa pun dari pemanggilnya. Terpikat oleh gosip, banyak orang mencoba menghubunginya, namun setiap upaya gagal. Namun, ketika Nene Yashiro, seorang gadis yang mengharapkan keberuntungan romantis, berani memanggil Hanako-san, dia menemukan bahwa "gadis" yang dirumorkan sebenarnya adalah laki-laki! Setelah serangkaian kejadian malang yang melibatkan hasrat romantis Yashiro, dia enggan terjerat dalam dunia supernatural, menjadi asisten Hanako-kun. Segera, dia mengetahui tentang tugas Hanako-kun yang kurang dikenal: menjaga keseimbangan rapuh antara manusia dan penampakan.
