Serial Id:Invaded, menceritakan Sistem Mizuhanome adalah pengembangan sangat maju yang memungkinkan manusia memasuki salah satu tempat paling menarik yang pernah ada—pikiran manusia. Melalui penggunaan apa yang disebut "partikel kognisi" yang ditinggalkan pelaku di TKP, detektif dari pasukan khusus polisi Kura dapat mewujudkan pikiran bawah sadar penjahat sebagai aliran pemikiran aneh di dunia virtual. Tugas mereka adalah mengeksplorasi bidang psikologis ini, yang disebut “id well,” untuk mengungkap identitas pelakunya. Tidak sembarang orang bisa masuk ke sumur id; prasyaratnya adalah Anda sendiri yang harus membunuh seseorang. Demikian halnya dengan mantan detektif Akihito Narihisago, yang dikenal sebagai "Sakaido" di dalam sumur id. Pernah menjadi anggota polisi yang disegani, tragedi terjadi, dan dia segera mendapati dirinya berada di pihak lain hukum.
