Fruits Basket Season 2 menceritakan Setahun telah berlalu sejak Tooru Honda mulai tinggal di kediaman Souma, dan sejak itu dia menjalin hubungan yang lebih kuat dengan penghuninya, Shigure, Kyou, dan Yuki. Dia juga semakin dekat dengan seluruh keluarga Souma dan menjadi akrab dengan rahasia leluhur mereka, setelah membantu mereka mengatasi banyak masalah pribadi. Namun, semakin dekat Tooru, semakin dia mulai menyadari bahwa rahasia mereka menyimpan kebenaran yang lebih gelap daripada yang dia duga sebelumnya. Musim panas semakin dekat dan Tooru diundang untuk menghabiskan hari-harinya bersama para Souma, terutama Kyou dan Yuki. Tooru menginginkan liburan yang santai, namun hubungan dekatnya dengan kedua anak laki-laki tersebut dan anggota keluarga Souma lainnya mungkin terbukti menimbulkan masalah. Saat mereka semakin akrab, waktu santai mereka bersama terhalang oleh kesulitan masa lalu dan perasaan dari masa lalu yang mulai muncul kembali. Perjamuan Abadi juga terjadi pada para anggota zodiak, dan mereka harus menjalankan tugas mereka bersama kepala keluarga yang menakutkan, Akito Souma.
